MiSTer bruker en Cyclone V FPGA (field programmable gate array) som kan programmeres via akkurat det samme språket en bruker for å lage mikrochipper på logikknivå (AND, NAND, NOR, NOT etc). En bygger sånn sett maskinen nøyaktig slik den fungerer fysisk på logikknivå. Dette gir en helt annen presisjon enn om man skal emulere den med en CPU. En fordel er en FPGA kan gjøre masse samtidig slik at du ikke trenger å serialisere de forskjellige delene i det du skal gjøre. Derfor er FPGA blitt så populært for retroentusiaster. En har rett og slett chipper som Cyclone V som har nok intern programmerbar logikk slik at en kan modellere mange av de gamle konsollene og datamaskinene perfekt. Denne løsningen er f.eks kraftig nok til å modellere en 486-prosessor. Det at en også har felles i/o til kontrollere og HDMI/VGA gjør jo ting mye mer fleksibelt, slik at en bare velger i en meny hvilken konsoll/datamaskin en vil at systemet skal være i øyeblikket.