Det er jo en og samme PC-hardware det er snakk om, og du kan jo ikke boote fra mer enn én partisjon om gangen, så jeg vil tro at dette vil fungere fin-fint. (Men jeg har ikke prøvd dette selv, og jeg kommer nok ikke til å gidde å sette opp en PC med dual-booting mer.)
Jeg tror at når du har fått aktivert lisensen på den ene partisjonen, så vil aktiveringen skje av seg selv på den andre partisjonen når Windows har blitt installert.