Er du sikker på at du ikke bare må definere hvor steam finner spill-mappen din på nytt? (i.e. E:\Spill\Steam\steamapps\ hos meg, noe lignende hos deg.) Har du spillene på en uvanlig plass kan det hende referansen til den mappen ble fjernet under den flush-configen.
I hvertfall kan du sjekke der Steam var installert etter mappen Steamapps og se om spillfilene ligger der. Gjør de det kan du kopiere de til en egen plass, og reinstallere steam. Så kopierer du spillmappen tilbake. Det kan også være en idé å kjøre en integritetstest på spillfilene.