Gå til innhold

FLAUT av HW.no forumet at vi ikke kan holde stand!

DargarWhiteFang

Av DargarWhiteFang
i Programvare

Anbefalte innlegg

DargarWhiteFang

DargarWhiteFang

Skrevet
Skrevet

[edits]

 

Har moderert språket litt, da jeg har fått (berettiget) kritikk for krass språk-bruk. -Jeg fikk som fortjent, men jeg fikk også oppmerksomhet! -Nå håper jeg bare at tråden vil leve en stund til og at mine endringer faller i smak slik at jeg ikke skremmer bort de jeg har fått oppmerksomhet fra!!

 

[/edits]

 

Jeg synes att til å være Norges nest største forum, og til å være et forum for spesielt data-interesserte, så gjør vi det SVÆRT dårlig internasjonalt. -Og hva er det vi gjør dårlig? -Protein "vikning" eller folding! Dette er en vital del av grunnforskningen blant annet innen områder som kreft, Alzheimer og Parkinsons som bedrives ved flere universiteter rundt i verden.

 

Hardware har hatt sitt eget (uoffisielle?) lag siden 06-06-2004, og i begynnelsen suste vi oppover liste-toppen og i våre glans-dager hadde vi flere hundre medlemmer som bidrog med prosessor tid hver dag... Siden en lang tid tilbake har antallet aktive bidragsytere sunket til under 100 tallet, og vi har falt fra 20-talls plassering på verdens basis, til 45 plass, og vi er i fritt fall...

Med tanke på den maskin-parken som surrer og går hos den gjennomsnittlige forum-brukeren her, så kan jeg ikke FATTE hvordan lag som f.eks. "Team Lithuania" og "TSC! Russia", eller for den delen, putte-lille "ADSLgr - Greek aDSL Users" kan klare å i det hele tatt komme i nærheten av oss.......så ser jeg på vår medlems-statistikk, og forstår igjen hvorfor det går så dårlig for oss...

 

For det første, så har vi bare totalt 1262 medlemmer, og av de 1262 personene, er det bare 89 til 103 som er jevnlig aktive, resten har slutta etter en lengre eller kortere bidrags periode.

For de som lurer, så har hw-forumet over 80 000 medlemmer.....at bare 1262 har tatt seg bryet med å bidra er intet mindre enn FLAUT. Hardware.no user statistics

 

Jeg synes derfor at det er FLAUT at et forum med en bruker-base så stor, og ikke minst med en maskin-park som er så avansert, ikke kan bidra mer til en slik god sak enn det vi gjør... På tide å gjøre noe med saken?!

 

Hjelp Team Hardware.no og resten av verden!

Bidra til viktig grunn-forskning rettet mot å finne bedre behandlingsmetoder for sykdommer, og bedre forståelse av systemer som:

(alle linker går til aktuelle artikkel for Stanford sin forskning og publikasjoner/presentasjoner/milestolpe som Folding har oppnådd. Merk også at lengst ned på siden finnes linker til streaming video materiale for de som er ekstra interessert.)

 

Kort innføring -Hva er Folding?

 

Folding@home lar deg bidra til medisinsk grunn-forskning innen flere viktige områder, og alt man trenger er en PC (eller flere).

Stanford University, et av USAs mest anerkjente universiteter, driver prosjektet med støtte fra Intel, Google, Dell, Apple, National Science Foundation og National Institute of Health, med flere.(Funding and Support)

 

Prosjektet er ikke bare ett "fint prosjekt på papiret" arbeid, Stanfords gruppe som jobber med Folding har gjort en mengde presentasjoner og publisert flere publikasjoner til "peer-review".

Resultatet av all informasjon som doneres av oss brukere, benyttes av både doktorander og professorer og muliggjør en dypere forståelse for, og direkte søkende etter -nøkkel funksjoner og hemmeligheter hos de forskjellige sykdommene/defektene slik at man i neste steg kan utvikle effektive behandlingsmetoder.

For de som ønsker å vite enda mer, så finnes populær-vitenskapelige artikler bl.a. her (diseases), her (scientific background) og her (results).

For de som ønsker å lese de publiserte vitenskaplige rapportene, finnes de her.

 

Slik gjør du:

Alle instruksjoner ligger sortert etter maskin i såkalte "spoilers" trykk på den som virker mest aktuell for din maskin.

Mye av instruksjonene er myntet på de som føler seg usikre eller har spørsmål. Kan man litt skole engelsk og litt om data-maskiner kan man skumme gjennom det meste, men pga. et par "triks" er det anbefalt å ihvertfall skumme gjennom 1 gang!

 

Felles instruksjoner for samtlige situasjoner:

 

  • Gå til denne siden og gjør følgende:

  • Velg deg et brukernavn (samme som på HW forumet om ønskelig), bruk søk-funksjonen på sida for å forsikre deg om at du ikke tar et navn som er opptatt. Man kan også velge å ikke ha et unikt brukernavn, og man havner da i gruppen "anonymous". Man kan bidra til Hardware.no sitt lag selv om man er anonym. Man kan også velge å gå sammen flere personer under samme navn, f.eks. er dere alle hjertelig velkommen til å benytte DargarWhiteFang som navn. ;)
  • Last ned klienten for ditt OS. Det anbefales at du laster ned "No nonsense" text-only console" og ikke "skjermsparer versjonen". Dersom du kjører Windows, anbefales versjon 5.04 beta for de som tror at de aktivt vil holde et øye med logg-filer etc, og versjon 5.02 for de som bare vil installere og glemme hele greia. 5.04 vil jeg personlig klasse som en stabil beta da jeg ikke har hatt problemer på verken AMD eller Intel maskiner. (Forutsatt at man ikke kjører "Advmethods", se individuelle instruksjoner for mer detaljer.)
  • De fleste valg beskrevet i instruksjonene under består av "ja/nei" valg. Disse valgene gjøres ved å skrive inn bokstavene "yes" eller "no" og trykke enter. (3 bokstaver i "yes", altså, ikke skriv inn "" -tegnene.)

 

-Jeg har en gammel/"svak" maskin (Celeron,Semperon,P3, eldre P4 uten HyperThreading, eldre AMD XP) eller maskinen er ikke på døgnet rundt:

 

 

Instruksjoner skrevet for versjon "5.02 console"

Lista ser lang ut, men dette er stort sett bare en øvelse i å trykke enter, ispedd å skrive inn yes og no et par steder. Lagt det ut i detalj for å hjelpe dersom det trengs. :)

  • Lagre klient-exe fila i en mappe, f.eks. c:\folding\
  • Dobbelklikk på fila i mappa, et "konsoll vindu" vil åpne seg
  • "User name" For å bidra anonymt, trykk enter 1 gang, eller legg inn brukernavnet du har valgt, etterfølgt av enter
  • "Team Number" Viktig punkt: her vil vi i laget Hardware.no sette stor pris på om du legger inn 37651 som er vår lag-kode!
  • "Launch this program as a service" Skriv inn de tre bokstavene "yes" og trykk enter her (anbefales sterkt!)
  • "Ask before fetching/sending work": har man modem eller annen "ikke-permanent" Internett forbindelse, velger man "yes", har man fast Internett forbindelse, velger man "no".
  • "Use Internet Explorer Settings": Denne lar vi være på standard (no), så bare trykk enter for neste valg
  • "Use Proxy": Denne lar vi også være standard med mindre du vet hva en proxy er enter
  • "Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size": Her velger man "yes" om man har en rask/fast Internett forbindelse, eller "no" om man har modem og ikke vil/kan la klienten laste ned store (5MB) filer.
  • "Change Advanced Options": Siden du har en eldre maskin og/eller maskinen ikke står på døgnet rundt, skal vi endre 1 innstilling i advanced, så velg "yes"
  • "Core Priority": -La denne være på default, trykk enter
  • "CPU Usage Request": -La denne være på default, trykk enter
  • "Disable Highly optimized assembly code": -La denne være på default, trykk enter
  • "Pause if battery power is being used": installerer du på en bærbar kan du velge "yes" her for å spare batteriet når du ikke har nettspenning! Alle andre velger "no"
  • "Interval, in minutes, between checkpoints": -La denne være på default, trykk enter
  • "Request work units without deadlines": Velg "yes" på denne, vanlige work-units har en tidsfrist på seg, og for å være sikker på at du blir ferdig i tide, på ditt system, så må du velge "yes" her. Dette sikrer at du får "evig" tidsfrist på å fullføre arbeidet!
  • "System clock frequently has errors": -La denne være på default, trykk enter
  • "Machine ID": Dersom du har en maskin med HyperThreading eller 2 CPU eller dual core, så leser du feil instruksjons-sett. ;) La den være default, trykk enter
  • Vent til programmet har fått kontakt med Internet og lasta ned alle filer den trenger, den vil vise tekst-oppdateringer og slutte med å si noe slikt som "Completed xxxx out of yyyyy steps (zz)" hvor zz er mellom 0 og 100 og indikerer %completion.
  • Re start maskinen (du trenger -ikke- stenge konsoll vinduet først, la Windows si "nå stenger vi for i dag" slik at programmet kan avslutte korrekt!
  • Se "sjekk-lista" i spoileren straks under her et sted!

 

-Jeg har en nyere maskin eller server med flere CPU'er (P4 med HyperThreading, AMD64, AMD dual core, Intel dual core)

 

 

Igjen er instruksjonene for 5.02 console, dersom man ønsker kan man benytte beta versjonen, prosessen er omtrent den samme, men i den nye (beta) versjonen har man noen ekstra valgmuligheter som stort sett er selv-forklarende. Lurer man på noe, kan man alltids spørre her på forumet! ;)

  • Lagre klient-exe fila i en mappe, f.eks. c:\folding\ID1\ og lag en nøyaktig kopi i en annen mappe, f.eks. c:\folding\ID2\
  • Dobbelklikk på fila i mappa "IDX", (ID1, så er X=1..), et "konsoll vindu" vil åpne seg
  • "User name": For å bidra anonymt, trykk enter 1 gang, eller legg inn brukernavnet du har valgt, etterfølgt av enter
  • "Team Number" Viktig punkt: her vil vi i laget Hardware.no sette stor pris på om du legger inn 37651 som er vår lag-kode!
  • "Launch this program as a service" "yes" og enter her (anbefales sterkt!)
  • "Ask before fetching/sending work": har man modem eller annen "ikke-permanent" Internet forbindelse, velger man "yes", har man fast Internet forbindelse, velger man "no".
  • "Use Internet Explorer Settings": Denne lar vi være på standard (no), så bare trykk enter for neste valg
  • "Use Proxy": Denne lar vi også være standard ("no"), med mindre du vet at du har en proxy. Trykk enter
  • "Allow receipt of work assignments and return of work results greater than 5MB in size": Her velger man "yes" om man har en rask/fast Internet forbindelse, eller "no" om man har modem og ikke vil/kan la klienten laste ned store (5MB) filer.
  • "Change Advanced Options": Siden du har en avansert dual-core/hyper threading maskin, velg "yes"
  • "Core Priority": -La denne være på default, trykk enter
  • "CPU Usage Request": -La denne være på default, trykk enter
  • "Disable Highly optimized assembly code": -La denne være på default, trykk enter
  • "Pause if battery power is being used": installerer du på en bærbar, kan du velge "yes" her for å spare batteriet når du ikke har nettspenning! Alle andre velger "no"
  • "Interval, in minutes, between checkpoints": -La denne være på default, trykk enter
  • "Request work units without deadlines": Har man maskinen på halve døgnet eller mer, kan man la den være på default (enter), er man usikker på om maskinen er kjapp nok, velger man yes. Velger man yes, får man bare arbeid som har "utvidet" deadline, velger man default eller no, så får man arbeid som må være ferdig innen en viss (variabel) deadline. Er man for sen, får man sterkt redusert antall poeng for arbeidet.
  • "System clock frequently has errors": Dersom man ikke har problem med at klokka på datamaskinen går feil, eller at den "glemmer" klokka etter hver omstart, kan man trygt velge default her, trykk enter
  • "Machine ID": Dersom du jobber i ID1 mappa, velg 1 og enter, dersom du jobber i ID2 (kopi) mappa, velg 2. Dette gjøres for at consol programmet (og Windows) skal klare å unikt identifisere de to instansene, slik at du kan kjøre en tråd på hver kjerne/virtuelle kjerne. Har du mer enn 2 kjerner/CPU'er (opp til 8), så lag en unik mappe for hver, og kjør oppsettet som over en gang i hver mappe, bare pass på at hver mappe får tildelt unik ID (1 til 8).
  • Vent til programmet har fått kontakt med Internet og lasta ned alle filer den trenger, den vil vise tekst-oppdateringer og slutte med å si noe slikt som "Completed xxxx out of yyyyy steps (zz)" hvor zz er mellom 0 og 100 og indikerer %completion.
  • Re startmaskinen (du trenger -ikke- stenge konsoll vinduet først, la Windows si "nå stenger vi for i dag" slik at programmet kan avslutte korrekt!
  • Se "sjekk-lista" i spoileren straks under her et sted!

 

-Jeg har Linux eller MAC OS/X:

 

Velkommen til dere også, dessverre har jeg ikke detaljert informasjon om oppsett på slike systemer "Sorry Mac, you are on your own", men prosessen burde være rimelig identisk med den for Windows, så titt igjennom spoilers over her og se om du kan finne ut av det. Eventuelt send en PM til meg med detaljer så skal jeg få oppdatert dette!

 

-Jeg har problem med temperaturen, hvordan throttler jeg FAH?

 

Enkelt:

  1. Skap en snarvei til fah.exe filen du vil throttle. Gå til properties/egenskaper til snarveien og legg til kommandoen -configonly, du skal da ha en snarvei som ser ut omtrent slik: G:\folding2\FAH502-Console.exe -configonly
  2. Gå til start-menyen og kjør/run: services.msc
  3. Steng ned (alle) FAH servicene
  4. Kjør snarveien du laget, velg yes på advanced options og gå til valg nummer 2 (CPU Usage Request) og endre denne til mellom 5 og 100, hvor 100 er 100%. Har du problem med varmen, prøv 80% eller 90% først.
  5. Start FAH servicene igjen når du er ferdig!

Thats it..

 

 

Jeg har installert, hva gjør jeg nå? (Viktig 1-gangs sjekk-liste!)

 

 

Etter første omstart er det lurt å gjøre en kjapp sjekk for å forsikre seg om at alt er riktig satt opp og fungerer som det skal. Vent et lite minutt etter oppstart slik at du er sikker på at alle programmer har fått kjangs til å starte opp ordentlig.. Dersom Internet Explorer kommer opp og du kan surfe, er du "safe".

Sjekken består mest av å åpne et par logg-filer å sjekke at alt ser iorden ut, og slik gjør du det:

  • Vi begynner med en "ctrl-alt-del" sekvens slik at vi får opp "Task Manager". Velg fanen "Processes" og trykk på "Image name" kolonnen. Let etter en prosess/image med navn FAH502-Console.exe. Du skal ha en for hver mappe/prosessor. Dersom du finner den betyr det at programmet kjører og alt lover bra for neste steg!
  • Gå til mappa (eller mappene dersom du har flere CPU'er/cores) hvor programmet ligger, ex: c:\folding\
  • Åpne fila FAHlog.txt, dersom denne ikke finnes, kan du si "Houston, we have a problem". Sjekk at du følgte punktene for oppsett (spoilers over) korrekt og at FAH502/FAH504 kjører i task-manager. Post i denne tråden her og si: "jeg følgte instruksjonene, men det fungerer ikke?!"
  • I log-fila, bla ned litt (om nødvendig) og sjekk at du har noe motsvarende innholdet i "quote" blokka under. Viktige punkter å sjekke er i fet skrift:

Service: G:\folding\FAH502-Console.exe

Arguments: -svcstart

 

Launched as a service.

Entered G:\folding to do work.

 

[01:09:17] - Ask before connecting: No sjekk at dette er som du ønsket.

[01:09:17] - User name: ditt bruker navn skal stå her (Team 37651) sjekk at du har satt opp til å være med i Hardware.no sitt lag, 37651, dersom du ønsker det..

[01:09:17] - User ID: 4FACAA077D74F30F unik kode, varierer fra PC til PC!

[01:09:17] - Machine ID: 1 Pass på at denne er unik for hver instans av FAH. Se "-Jeg har en nyere maskin"... spoiler over for detaljer.

[01:09:17]

[01:09:17] Loaded queue successfully.

[01:09:17] + Benchmarking ...

[01:09:20]

[01:09:20] + Processing work unit

[01:09:20] Core required: FahCore_78.exe

[01:09:20] Core found.

[01:09:20] Working on Unit 06 [April 20 01:09:20]

[01:09:20] + Working ... Da var alt vell for denne installasjons mappen, sjekk de andre log filene dersom du har flere instanser, deretter, hent kaffe og kaker! ;)

 

 

 

Ok, hva nå?

 

Da er det bare å lene seg tilbake og vente. Det kan ta fra 1 dag til flere dager før du får poeng på statistikk-siden, alt etter hvor rask PC du har. Statistikksiden for team Hardware.no finner du fortrinnsvis på denne siden, eller her.

For å se hvordan du ligger an, kan du bruke flere ulike fremgangsmåter:

  • I filen unitinfo.txt (f.eks. C:\Folding\unitinfo.txt) finner du informasjon om hvilken Work Unit du for øyeblikket jobber med, samt hvor langt du har kommet i %.
  • På Electron Microscope finner du programmet Electron Microscope III, som lar deg overvåke protein kveiling på én eller flere PC-er. På samme side finnes også EM Screensaver, som fungerer som enhver annen skjermbeskytter, med det unntak at den fôrer deg med informasjon om hvordan du ligger an i protein kveiling (hvor lang tid det er igjen m.m.) når du ikke benytter din PC.
  • Det finnes også flere andre programmer der ute som lar deg følge med protein kveiling; Google anbefales for den som vil se etter andre alternativer.

Må jeg tenke på noe spesielt nå når jeg kjører FAH?

...kanskje...

Det korte svaret er: nei, men det kan være lurt å sjekke log eller unit status fila fra tid til annen for å se at den får kontakt med Internet når det trengs etc.

Vil programmer kjøre tregere?

Det korte svaret er igjen, nei, ikke nevneverdig.

 

 

I oppgavebehandling (ctr+alt+del) vil du nå se at CPU-bruk er på 100 % også ved idle, og av en eller annen grunn, så skremmer dette mange brukere fordi de tror at maskinen nå er overbelastet og vil gå i sirup.. Men ei, det gjør den ei! FAH kjører nemlig med veldig lav prioritet, omtrent det eneste som ligger under er "idle" prosessen til Windows Dette betyr kort og godt at alle andre programmer som kjører har første-retten på CPU ressurser, Folding bruker bare den del som til en hver tid ikke brukes av noen andre programmer. Dersom man kjører syntetiske ytelses-tester vil man nok kunne se en marginal forskjell forårsaket av Windows sin task-manager som fordeler prosessor tid til ulike programmer, men i praksis vil ikke dette merkes. Dersom man allikevel vil ha full kontroll for en kort periode, kan man gå inn på start menyen og "kjør" og starte programmet services.msc (Windows). Her leter man opp sine "Folding" prosesser og velger "stop service". Når man er ferdig med benchmarks eller hva man nå skulle gjøre, kan man lett starte opp prosessen igjen med hjelp av samme metode.

 

 

Jeg har problem med varme og/eller jeg overklokker maskinen min!

Dersom du driver med overklokking av maskinen eller har for dårlig kjøling (Dersom temperaturen på en datamaskin kryper opp over 70 grader C når maskinen går for fullt, har du for dårlig kjøling eller for varmt rom!) -Heldigvis finnes det flere løsninger: ikke ha rom-termostaten på "badstue-varmt", kjøp ny kjøler, plukk hybel-kaniner ut av kassa, sett opp console klienten til å bruke f.eks. 80% eller 90% av max CPU, da vil maskinen få slappe av litt og den vil nå en lavere likevekttemperatur. Se forøvrig spoileren ovenfor som gir instruksjoner for hvordan du skal throttle prosessen.

 

Hva med strøm-regninga?

Du -kan- la maskinen stå på 24 timer i døgnet, 7 dager i uka, men du -må- ikke. Valget er ditt. Strøm-regninga vil ikke endre seg om du ikke lar maskinen stå på lengre enn du gjorde før!

 

Hvor ofte må jeg være på nett?

Dersom du har fast (ADSL) forbindelse, trenger du ikke tenke på det i det hele tatt, den sender og henter data når den trenger det, noe som for de fleste vil være mindre enn 1 gang pr dag, kanskje bare en gang i uka.

 

Hvorfor har forum-brukere på Hardware.no laget et forum lag?

Kort og godt fordi det er kjekkere å være i et lag, slik at man synes igjen. Det er også en slags "konkurranse" mellom ulike forum og grupper i verden, om hvem som bidrar mest. F.eks. begynner laget til Tom's Hardware å puste oss i nakken etterhvert, noe vi selvsagt ikke kan finne oss i! ;)

Blant brukere på ulike forum så er det faktisk litt prestisje-hunger som er ute å går, men det er jo bare sunt, og tro det eller ei, men det skaper jo litt reklame og blest om Hardware.no også, noe som gjør at vi synes Hardware.no konsernet godt kunne ha offisielt bakket opp dette laget "sitt", slik for eksempel extremeOC og Tom's Hardware sidene gjør.

Men kanskje mest av alt er det fordi vi ønsker å spre dette prosjektet til så mange mennesker som mulig, og dette gjøres mulig gjennom forum-nettverket til Hardware.no

 

Hva gjør Folding@home unikt i forhold til andre prosjekter som f.eks. D2OL?

Faktisk fint lite og ingenting. Det finnes en mengde andre prosjekter der ute som bruker den såkalte distributed computing teknikken for å få gjort enorme mengder data-beregninger. En oversikt over de fleste andre slike prosjekter kan man finne bl.a. her. Derimot, så er det ikke alle som lar resultatene bli fritt tilgjengelige, selv om de fleste gjør det, og det er heller ikke alle som bidrar til medisinsk forskning, andre områder fra matematikk til fysikk med flere dekkes også av ulike prosjekter. Les litt og avgjør selv hvilket prosjekt som virker mest interessant for deg!

 

Hva får jeg igjen for dette?

Bortsett fra en "warm fuzzy feeling" og vitende om at man hjelper til innen forskning, så får man også "poeng" basert på hvor mange arbeids-enheter man fullfører. Poengene kan ikke brukes til noe utover å sammenligne sitt eget bidrag med andres, men er man med i et lag, så bidrar man jo også til at ens eget lag kommer høyt opp på listene sammenlignet med andre lag i verden.

 

For å hjelpe til å skape blest om tråden og prosjektet, kan du legge til følgende i signaturen din:

[b][URL=http://forum.hardware.no/index.php?showtopic=254688]Bli med på Folding@home - Team Hardware.no du også![/URL][/b]

 

For mer informasjon referer vi til Folding@home-prosjektets hjemmeside

 

Her i spoileren kan du lese en forum-post fra -en- av Ph.D. studentene som avhenger av oss for sin hovedoppgave:

 

 

First, let's review some basic physics. The key idea is that of a "trajectory." You might recall Newton's Second Law, F = ma, which means that the acceleration a (change in velocity) that a particle experiences is proportional (by its mass m) to the force F it experiences. This means that if we can catalog all the forces on a particle, we can determine its acceleration. If we know the acceleration, then we can use calculus to determine the particle's position as a function of time, for all time. The result is what's called a 'trajectory' -- a kind of map of where the particle has been and where it will be going. By the way, when I say 'particle,' I mean that we could perform this analysis on atoms, protein molecules, baseballs, the space shuttle, the Sun, or anything in between.

 

The analysis gets a lot harder the more particles there are in the system -- for instance, if you set up a system with the Earth and the Sun as two particles, experiencing each others' gravity, then you can solve Newton's Second Law very easily and write down a function which describes the position of the Sun and the Earth at all times. If you include the moon or other planets, then you can't write down functions like this, though you can solve Newton II numerically. This is what we do for FAH -- solve Newton II numerically for thousands of atoms, thousands of times, once every femtosecond or so (that's "ten-to-the-minus-15" seconds). What we get is a trajectory for the protein atoms.

 

If we're simulating protein folding, then perhaps the trajectory will result in a folded protein. Perhaps not -- we don't have a way to say for sure how this happens for an arbitrary starting conformation. (But we're studying it, obviously, thanks to our Army of Undea -- oops, I mean FAH clients. The Army of Undead is for a different project entirely.)

 

Now, on my desktop machine at work, I can simulate a system of about 16,000 atoms moving for 1 nanosecond (ns, or "ten-to-the-minus-9" seconds) in one day. But the protein that I'm folding requires (on average) one microsecond ("ten-to-the-minus-6" seconds) to fold -- and this is a system engineered to fold fast. To get to one microsecond on my desktop machine, I'd have to fold for 1,000 days. Forget about "average" proteins, which might take hundreds of microseconds, or milliseconds, to fold.

 

Maybe I'd get lucky and the protein would fold in that time; maybe I wouldn't, and they'd find me 35 years later, in some sub-subbasement below the chemistry building at Stanford, a raving lunatic lost to the dredges of Ph. D. research, sneaking out only at night to feed on spilled yeast extract and collecting discarded NMR tubes to wear as primitive jewelry. (I heard this happened to a guy.)

 

To avoid life-wasting tragedy, we (and when I say "we" I mean, "Someone besides me, but who I know") has recruited hundreds of thousands of generous and interested persons ("you guys") to give us a hand with some of this work. I could run a trajectory for 1,000 days, but instead we've taken a shortcut and decided to run 1,000 or 10,0000 or 100,000 trajectories for a few days (or months or years) instead. On average, a few of these trajectories will result in a folded protein (and we have ways of yielding interesting and important information from all of the work done on FAH).

 

Okay, here it is: The CLONE numbers are labels for each trajectory that we run. Each GENeration is another chunk of time along that trajectory. So, say that I benchmark CLONE0, GEN0 (the first 4 ns). That WU is then done, and the FAH software builds a new WU with starting coordinates (and velocities and stuff) where mine left off. Then the new WU -- GEN1 of CLONE0 -- gets sent to you, and you simulate the next 4 ns. And so on. So CLONE is a label for an individual trajectory, and GENerations are time steps along that trajectory.

 

RUNs are groups of similar CLONEs. All the CLONEs in a RUN have the exact same atoms, the exact atom positions, the same temperature, etc. The difference is the starting velocities -- the initial motions of all the atoms in the protein are randomized. Although statistically the velocities are determined by the temperature, there are countless ways of partitioning the velocities to the atoms, so we try out 100 or so CLONEs to get a good feel for the sample space. Assigning different velocity sets to the atoms turns out to be wildly important: if the conformation we start with happens to represent the transition state (sort of halfway from folded, halfway from unfolded) then 50 of our 100 CLONEs will fold, and 50 won't.

 

The different RUNs in a PROJect might, in their simplest form, represent different starting conformations. So, we could start off 100 RUNs of different partially unfolded structures and try to find the one for which half of its CLONEs fold -- then that RUN has the conformation of a representative of the transition state.

 

So why is this transition state doohickey so important? The folded state is relatively easy to identify, especially if experimentalists have determined the structure for the protein under scrutiny, or for a very similar one. The "unfolded state" is a bit harder, but we can generate unfolded conformations by, say, simulating the folded protein at high temperatures so it "melts," or we can thread the amino acid sequence on a set of randomly coiled noodles, or whatever. But the path which connects "unfolded" protein with folded protein is not so easy to get to -- but if we identify the transition state, then we've found (at least one of) the paths by which proteins fold, and that's research in protein folding.

 

The RUNs might also represent slightly different proteins -- for instance, different mutants of some protein. They might represent other things that I haven't thought of, but whatever they are they are similar enough to other RUNs in the same PROJect, that, well, they're part of the same project.

 

So to summarize, when I'm setting up a project, I might do the following:

1. Pick 100 different unfolded or partially unfolded conformations of my protein of interest. These become my RUNs.

2. Then, I set up 100 different CLONEs for each RUN. (Well, I don't actually set them up myself, I just run a program. But I run it really well. And intelligently. And I look good doing it.) Each CLONE contains one WU at this point.

3. Then, I let the (100 RUNs) x (100 CLONEs) = 10,000 WUs loose on the world ("you guys").

4. Then, I go have lunch.

5. I come back weeks later to find WUs crunched and GENerations progressing -- each of the original 10,000 WUs was the beginning of one trajectory, so at the end, I have 10,000 trajectories of 50 or 100 or more ns.

6. Finally, I sit through the data and learn something new about protein folding!

 

And so it goes. I'm still new at this, so I haven't actually done steps 4, 5, or 6 yet, but I've got a good handle on 1, 2, and 3, and now it's a matter of waiting (and doing 1, 2, and 3 a lot more).

 

Hope that helps! Now to find something else to distract me from doing homework . . .

Dan

Link

(ideen til spoiler teksten lånt med tillatelse fra Tore_v1)

 

 

 

Ting å tenke på om saker og ting ikke fungerer:

 

 

Dersom du mot formodning ikke skulle finne ditt navn her, så er det et par kjappe ting å tenke på og sjekke: først, har du fullført minst et par WorkUnits? -dette kan du finne ut i mappen hvor du la filen, i en log fil, det du leter etter (eller kan søke etter i notepad) er teksten "Finished Work Unit". I "FAHlog.txt" kan du også dobbelsjekke at du har lagt inn og registrert rett lag navn. (se ovenfor). Det kan også ta et par dager fra første unit er ferdig til du finner deg selv på statistikk siden...

 

 

 

Melding til de rundt regnet 1000 medlemmene som ble med på FAH, men som ikke har bidratt på år og dag:

 

 

Hvorfor i alle ... vide granskauen ... sluttet dere?

-Dersom du trenger å skru av midlertidig, skru av service ved å kjøre start - run - services.msc og finn dine FAH services og stopp de før du kjører din super-viktige benchmark, og deretter starter du den like lett opp igjen. Ingen reboots eller stress = ingen unnskyldning for å ta bort FAH!!

-Til de som sier at maskinen konka pga FAH = dersom du overklokker og synes det er greit med en maskin som ikke er 100% stabil under 100% load, enten klokk -litt- ned igjen -eller- gå i advanced settings og endre 100% load til f.eks. 90% load... man kan faktisk throttle FAH!!

-Til de som sliter med små rom og høy temperatur inne, anbefaler jeg at man throttler FAH før man sletter mappa. 50% cpu-kraft er tross alt uendelig mye mer enn 0% cpu-kraft!

 

Uansett, siden du leser dette, håper vi alle at dere kommer tilbake til oss! Dere er hjertelig velkomne!!

 

 

 

Dersom noen har spørsmål eller kommentarer, så kan de stilles her, eller så kan man også ta en titt på sticky-tråden som finnes HER...dersom man ikke har veldig lyst til å lese mye av det samme en gang til, så anbefaler jeg å gå til siste side og poste spørsmålene der.

 

Det finnes knapt en unnskyldning(*) verd å nevne for ikke å kjøre FAH Så få ut fingeren og sett igang. Installer å glem hele greia eller følg din personlige utvikling fra dag til dag, valget er ditt, men kjør FAH!

(*)basert på at man ikke -må- ha maskinen på lengre enn man vanligvis har, eller trenger å gjøre noe aktivt etter att man har satt opp klienten.. strøm regninga endrer seg ikke uten at man vil det...og har man problem med temperaturen, så kan man throttle klienten slik at den ikke bruker mer enn XX% av tilgjengelig kraft, noe som vil senke temperaturen.

 

Til alle som har lest igjennom, vil jeg gi en STOR takk, jeg håper du vil vurdere å legge inn FAH (og glemme hele greia), slik at laget vårt kan gjenerobre de høye topper på listene, men enda viktigere bidra til at forskere får tilgang til de data som de trenger for å drive effektiv forskning på ting som vedgår oss alle og som rammer de fleste av oss, enten direkte eller indirekte, nemlig kreft og Alzheimers.

 

Kjell-Edmund Ims

 

PS: for min unnskyldning, se første post på side 2.. den korte utgaven finner du på toppen av denne posten..

Lenke til kommentar

Videoannonse

Videoannonse
Annonse
tore_v1

tore_v1

Skrevet
Skrevet (endret)

Point taken..

 

Setter opp F@H på en +4600, altså to "instances"..

Da er min samvittighet ren..

 

EDIT: Jeg får ikke lov til å starte del 2 av programmet.. Startet som beskrevet, men da jeg skulle installere andre gangen fikk jeg beskjed om at det ikke var lov.. Versjon 5.03. Tror problemet er at jeg ikke kan bestemme maskin ID, den spør ikke om dette.

 

EDIT2: Byttet til no-gui interface, var visst ikke en option i gui-versjonen

Endret av tore_v1
Lenke til kommentar
DargarWhiteFang

DargarWhiteFang

Skrevet
  • Forfatter
Skrevet (endret)

Jaha! Ikke rare responsen her gitt. "snur ræva til og gir tråden en alldrig så liten *bump*"

 

Kanskje ikke annet å vente, poster i dette forumet dukker vel ikke en gang opp på framsida til HW. sukk. Noen som har noen idee om hvordan man kan fange flere brukeres oppmerksomhet?

 

Idee: skal prøve å enndre min signatur til noe litt mer provoserende f.eks.

[dårlig eksempel, så jeg tok det bort.. se min nåværende sigg!]

 

Hva synest folk om den ideen?

Endret av Dargar
Lenke til kommentar
Bytex

Bytex

Skrevet
Skrevet (endret)

Du må slutte med dette "jævla egoistiske svin"-maset ditt hvis du vil ha flere med. Vi liker ikke å bli kalt tullinger for noe vi aldri har hørt om engang.

 

Når det er sagt, så er jeg med nå. Man er ikke et egoistisk svin selv om man ikke støtter alle verdens tusenvis av veldedighetsorganisasjoner heller. Det holder med en eller to. Jeg støtter kreftsaken på andre måter, har hatt 3 tilfeller av kreft i familien (de overlevde heldigvis). Ante ikke at det fantes noe Folding-prosjekt av proteiner, så den "jeg er så mye bedre enn dere"-holdninga di provoserer meg.

Endret av Bitex
Lenke til kommentar
Belarnion

Belarnion

Skrevet
Skrevet (endret)

Jeg tror poenget til Dargar er å få litt blest om saken. Det er mange som vet hva F@H er men likevel ikke "gidder" å være med. Det er litt stusselig synes jeg da. Akkurat som han synes. Men han har hakket kraftigere språkbruk. :p

 

Så til andre som ikke har hørt om F@H: svinemaset hans er ikke ment for dere. :thumbup: til alle nye som blir med.

 

Hvis man får litt blest om saken så er kanskje det meste gjort. :)

Dargar har forresten over 2000 poeng pr. dag. Jeg har i overkant av 400 nå med en A64 X2 på 2,76GHz, er det noen som vil konkurrere? ;)

Endret av oddarne84
Lenke til kommentar
oysfaerg

oysfaerg

Skrevet
Skrevet

Dargar: Som du sikkert vet er det frivillig om noen vil være med på F@H. Det er slettes ikke alle som har maskinene stående på hele døgnet av forskjellige grunner (både gr. tillatelse fra foreldre, strømforbruk o.l. -- Jeg drar over 1kW på det meste med bare skjerm og maskin, og hvis maskinen står på 12 timer dødtid hver dag * 230 arbeidsdager blir det 2760kWh. 1kWh koster f.eks 0.65kr, noe som betyr ett årlig forbruk (bare på arbeidsdagene) på 1794 kroner ekstra. Ikke alle er villig til å betale det for å ha på maskinen sin).

 

Du bør også dempe språket ditt litt - Jeg gir deg herved en heads-up - Rediger deler av teksten din, eller få det redigert av andre!

 

Ingen er "jævler" fordi de ikke gidder å "låne bort" maskinen.

Lenke til kommentar
Traktormannen

Traktormannen

Skrevet
Skrevet
Dargar: Som du sikkert vet er det frivillig om noen vil være med på F@H. Det er slettes ikke alle som har maskinene stående på hele døgnet av forskjellige grunner (både gr. tillatelse fra foreldre, strømforbruk o.l. -- Jeg drar over 1kW på det meste med bare skjerm og maskin, og hvis maskinen står på 12 timer dødtid hver dag * 230 arbeidsdager blir det 2760kWh. 1kWh koster f.eks 0.65kr, noe som betyr ett årlig forbruk (bare på arbeidsdagene) på 1794 kroner ekstra. Ikke alle er villig til å betale det for å ha på maskinen sin).

 

Du bør også dempe språket ditt litt - Jeg gir deg herved en heads-up - Rediger deler av teksten din, eller få det redigert av andre!

 

Ingen er "jævler" fordi de ikke gidder å "låne bort" maskinen.

5947149[/snapback]

 

Ja, det er selvfølgelig frivillig å være med. Velger å tro Dargar 'trådde til' litt ekstra i oppmerksomhetens navn. Personlig har jeg ikke på maskinen(e) min(e) på 24/7, det er da heller ikke noe krav for å være med. Alle monner drar som man sier.

 

Angående strømforbruk. Personlig bruker jeg noen skarve hundre watt på mitt system og siden jeg bare har det på når jeg skal bruke det til andre (mer eller mindre fornuftige) ting er bare det økte strømforbruket maks forskjellen mellom idle og load (en håndfull watt eller to). På denne tid av året går også denne spillvarmen med til oppavarming av leilighet.....så det er kanskje snakk om en 10'er ekstra (ok...nå bare gjetter jeg) i måneden.

 

Ellers, smil til verden og verden smiler til deg :D

(hvis ikke, kan du furte med god samvittighet)

Lenke til kommentar
tore_v1

tore_v1

Skrevet
Skrevet

Jeg sitter med beina nesten klemt rundt med reserator om vinteren.. Klokker ekstra bare for å ikke fryse.. hehe

 

Vinningen går nok ikke helt opp i spinningen, men ekstra varme fra pc'en vil faktisk bidra til reduserte fyringsutgifter..

 

Jeg har maskinen på 24/7, mye pga Azureus, om cpu er klokket opp eller ned er ikke så farlig.. Klokker ned skjermkortet en del, pga varme..

Lenke til kommentar
Belarnion

Belarnion

Skrevet
Skrevet

Husk at om du har en elektrisk varmovn med termostat på i samme rom som du har en maskin, er det hipp som happ om du gir strøm til maskinen eller varmovnen. Det blir jo like varmt uansett:

 

800W varmovn + 0W datamaskin = 800W

400W varmovn + 400W datamaskin = 800W

 

Jeg har aldri sett en varmovn regne ut proteinfolding da...

Lenke til kommentar
Endre visningsnavn

Endre visningsnavn

Skrevet
Skrevet (endret)

Jeg er en jævel :woot:, dvs. jeg var med dette for en stund siden men programmet fikk PC'en min til å låse seg hele tiden så jeg droppa hele greia. Er heller med på å trykke en gang om dagen, det får være veldedighet nok.

 

Du bør kanskje forklare litt bedre hva F@H går ut på før du begynner henge ut 79 000 forum-medlemmer...

Endret av FloppyDisk
Lenke til kommentar
Traktormannen

Traktormannen

Skrevet
Skrevet
Jeg er en jævel :woot:, dvs. jeg var med dette for en stund siden men programmet fikk PC'en min til å låse seg hele tiden så jeg droppa hele greia. Er heller med på å trykke en gang om dagen, det får være veldedighet nok.

 

Du bør kanskje forklare litt bedre hva F@H går ut på før du begynner henge ut 79 000 forum-medlemmer...

5947534[/snapback]

 

Prøvde du å kjøre det som service eller brukte du den grafiske klienten?

Har aldri hatt problemer med service'n i hvert fall.

 

I forhold til den andre tråden, hvorfor ikke gjøre begge deler (litt ole brum).

Lenke til kommentar
jon67

jon67

Skrevet
Skrevet

Vil oppfordre alle som disponerer datamaskin(er) med internettaksess til å delta i Folding-prosjektet. Dette er strategisk grunnforskning på høyt nivå, som legger grunnlaget for medisinske nyvinninger i tiår fremover.

 

Oppfordrer samtidig HW.no til å lage en liten forside-notis om teamet sitt i ny og ne.

Lenke til kommentar
Endre visningsnavn

Endre visningsnavn

Skrevet
Skrevet
Var den grafiske, får kanskje prøve service'n. Det har vel også kommet noen oppdateringer siden sist jeg prøvde..

5947581[/snapback]

Jeg har prøvd både grafisk og ikke grafisk og hatt de gående 24/7 i flere måneder uten klikk. Kan det ha vært pga overklokking at maskinen din var ustabil før?

5947676[/snapback]

 

Lasta ned den konsollgreia nå, funker som bare det :)

Lenke til kommentar

Opprett en konto eller logg inn for å kommentere

Du må være et medlem for å kunne skrive en kommentar

Opprett konto

Det er enkelt å melde seg inn for å starte en ny konto!

Start en konto

Logg inn

Har du allerede en konto? Logg inn her.

Logg inn nå
Gå til emneliste
×
×
  • Opprett ny...